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| Titolo del progetto di ricerca in italiano | Modelli e Algoritmi per il Docking Proteina-Proteina |
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| Titolo del progetto di ricerca in inglese | Models and Algorithms for Protein-Protein Docking |
| Settore Concorsuale | 09 - Ingegneria industriale e dell'informazione |
| S.S.D | - |
| Descrizione sintetica in italiano | svilupperà algoritmi innovativi per il docking proteina-proteina che analizzeranno caratteristiche geometriche e fisicochimiche a livello locale attraverso schemi iterativi, per formare soluzioni globali, valutabili sulla base della conformazione delle componenti locali. Una prima attività riguarda il progetto di algoritmi paralleli per il calcolo veloce delle superfici. Una seconda attività riguarda l'estensione dei descrittori di superfice per modellare in modo uniforme le informazioni elettrostatiche e quelle di complementarietà di forma. La terza, e principale, attività riguarda il progetto di una strategia iterativa per la costruzione di configurazioni di contatti, a partire da coppie di "buoni" candidati. L'iterazione è bottom-up, e aggiunge nuovi contatti ad ogni passo. La valutazione di qualità delle soluzioni, concorrentemente in formazione, è prevista dopo diversi passi di accrescimento per monitorare l'evoluzione della migliore soluzione ipotizzata. |
| Descrizione sintetica in inglese | This research project aims to design novel algorithms for protein-protein docking that will analyze the geometric and the physicochemical features at a local level, under a general iterative template, and will form global solutions, further evaluated using the mutual arrangements of the local components themselves. A first task is about the design of a parallel algorithm for fast surface computation. A second task is about the extension of existing surface descriptors, finding a uniform way to model electrostatic information and shape complementarity on surface representations. The third, and main, task is about the design of an iterative strategy for patches arrangements formation, from a set of “good” candidate pair of patches. Iterative growing strategies proceed in a bottom-up fashion, adding more patches at each iteration. Quality assessment can occur after some enlargement steps and concurrent hypothesis verification can be implemented monitoring the way quality evolves. |
| Data del bando | 07/01/2016 |
| Paesi in cui può essere condotta la ricerca |
EUROPE |
| Paesi di residenza dei candidati |
EUROPE |
| Nazionalità dei candidati |
EUROPE |
| Sito web del bando | http://www.dei.unipd.it/bandi |
| Destinatari dell'assegno di ricerca (of target group) |
Early stage researcher or 0-4 yrs (Post graduate) |
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| Nome dell'Ente finanziatore | Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione |
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| Tipologia dell'Ente | Public research |
| Paese dell'Ente | Italy |
| Città | Padova |
| Sito web | http://www.dei.unipd.it |
| carlo.ferrari@unipd.it |
| L'assegno finanziato/cofinanziato attraverso un EU Research Framework Programme? | No |
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| Data di scadenza del bando | 25/01/2016 |
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| Come candidarsi | Other |