Torna ai risultati della ricercaBando per assegno di ricerca
| Titolo del progetto di ricerca in italiano | Identificazione affidabile dell’interfaccia PPI in complessi proteici multiunita` |
|---|---|
| Titolo del progetto di ricerca in inglese | Reliable identification of the PPI interface in multiunit protein complexes |
| Settore Concorsuale | 09 - Ingegneria industriale e dell'informazione |
| S.S.D | - |
| Descrizione sintetica in italiano | Questo progetto riguarda il calcolo della PPI di complessi proteici utilizzando una nozione estesa di similarità` locale di superfice che include la complementarietà` della forma e la consistenza di proprieta` fisico-chimiche. Si utilizzera` una rappresentazione a voxel della SES (superfice esclusa dal solvente) e frammenti locali della superfice saranno estratti da tale rappresentazione. Ciascun frammento sara` descritto tramite un descrittore di Zernike tridimensionale (3DZD), che rappresentera` anche le proprieta` chimico-fisiche. Il riconoscimento delle regioni PPi di interfaccia e` un problema di classificazione,dove ogni frammento locale di superfice viene etichettato come un frammento di interfaccia o di non interfaccia. |
| Descrizione sintetica in inglese | This project is about the computation of the PPI of protein complexes using an extended notion of local surface similarity that involves both the shape complementarity and the consistency of the physicochemical properties. We will use the voxelised representation of the Solvent Excluded surface (SES) and local surface patches are extracted from such representation. Each patch will be described by the 3D Zernike descriptors (3DZD), also representing its physicochemical properties. The recognition of PPI interface regions is a classification problem, where each local surface patch is tagged either as interface surface patch, or as non-interface surface patch. This problem may be approached using the Support Vector Machine (SVM), that will be set up thanks to the availability of The Protein-Protein Docking Benchmark 5.0, The experimental evaluation will be given according the usual metrics that includes accuracy, precision, recall and the Matthews correlation coefficient (MCC). |
| Data del bando | 27/09/2019 |
| Paesi in cui può essere condotta la ricerca |
OTHER |
| Paesi di residenza dei candidati |
EUROPE |
| Nazionalità dei candidati |
EUROPE |
| Sito web del bando | http://www.dei.unipd.it/bandi |
| Destinatari dell'assegno di ricerca (of target group) |
Early stage researcher or 0-4 yrs (Post graduate) |
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| Nome dell'Ente finanziatore | Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione-Università degli Studi di Padova |
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| Tipologia dell'Ente | Public research |
| Paese dell'Ente | Italy |
| Città | Padova |
| Sito web | http://www.dei.unipd.it |
| carlo.ferrari@unipd.it |
| L'assegno finanziato/cofinanziato attraverso un EU Research Framework Programme? | No |
|---|
| Data di scadenza del bando | 14/10/2019 |
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| Come candidarsi | Other |