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| Titolo del progetto di ricerca in italiano | Studio computazionale dellˇinterazione di composti antimicrobici con sistemi di efflusso batterici. |
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| Titolo del progetto di ricerca in inglese | Computational study of the interaction maps of antimicrobial compounds with bacterial efflux systems. |
| Campo principale della ricerca | Physics |
| Sottocampo della ricerca | Applied physics |
| Settore Concorsuale | 02 - Scienze fisiche |
| S.S.D | FIS/07 - FISICA APPLICATA (A BENI CULTURALI, AMBIENTALI, BIOLOGIA E MEDICINA) |
| Descrizione sintetica in italiano | Scopo di questo studio è capire lˇinterazione di composti antimicrobici con sistemi dˇefflusso batterici. Verranno presi in considerazione composti selezionati dai partner del progetto NIH sulla base di dati sperimentali biochimici e microbiologici. Per queste molecole si procederà a determinarne le caratteristiche fisico-chimiche seguendo lo stesso schema utilizzato per la creazione del database per composti antibatterici realizzato in loco (http://www.dsf.unica.it/translocation/db/). Successivamente, verranno eseguiti run di ensemble docking dei composti interagenti con AcrB e MexB, i due principali trasportatori in E. coli e P. aeruginosa, per ottenere delle possibili configurazioni per simulazioni di dinamica molecolare. Lo studio delle interazioni fra composti e sistemi dˇefflusso permette lˇidentificazione delle regioni critiche per il funzionamento di queste macchine proteiche. |
| Descrizione sintetica in inglese | In this research we aim at mapping via computational techniques the interactions of antimicrobial compounds with bacterial efflux systems. We will consider the compounds selected experimentally by the other partners of the NIH consortium. The physico-chemical properties of these molecules will be characterized following the same protocol used for the in-house developed database of antimicrobial compounds (http://www.dsf.unica.it/translocation/db/). The second step of the study requires run of ensemble docking of the selected compounds interacting with AcrB and MexB, two of the main transporters of E. coli and P. aeruginosa. The identified complexes will represent the starting point of molecular dynamics simulations. The study of the compound-efflux system interactions will provide insights into features that are crucial for the functioning of the efflux pumps. |
| Data del bando | 27/01/2021 |
| Paesi in cui può essere condotta la ricerca |
Italy |
| Paesi di residenza dei candidati |
EUROPE |
| Nazionalità dei candidati |
EUROPE |
| Sito web del bando | http://dirpersonale.unica.it/concorsi/index.php?page=assegni |
| Destinatari dell'assegno di ricerca (of target group) |
Early stage researcher or 0-4 yrs (Post graduate) |
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| Nome dell'Ente finanziatore | Fondi Dipartimento di Fisica – Progetto COMPEFFL |
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| Tipologia dell'Ente | Public research |
| Paese dell'Ente | Italy |
| Città | Cagliari |
| Sito web | http://www.unica.it |
| paolo.ruggerone@dsf.unica.it |
| L'assegno finanziato/cofinanziato attraverso un EU Research Framework Programme? | No |
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| Data di scadenza del bando | 16/02/2021 |
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| Come candidarsi | Other |