Torna ai risultati della ricercaBando per assegno di ricerca
| Titolo del progetto di ricerca in italiano | Caratterizzazione di determinanti di resistenza antibiotica tramite sequenziamento ed analisi bioinformatica di genomi batterici |
|---|---|
| Titolo del progetto di ricerca in inglese | Sequencing and bioinformatic analysis of bacterial genomes |
| Settore Concorsuale | 06 - Scienze mediche |
| S.S.D | MED/07 - MICROBIOLOGIA E MICROBIOLOGIA CLINICA |
| Descrizione sintetica in italiano | L’assegnista dovrà crescere ceppi batterici, isolarne il DNA e sequenziarlo utilizzando la tecnologia Nanopore. Il DNA dovrà essere estratto conservandone l’integrità, in modo da ottenere sequenze lunghe (>100 kb). I genomi batterici dovranno essere assemblati e caratterizzati, con particolare riguardo per: (i) elementi genetici mobili, (ii) determinanti di resistenza acquisiti, (iii) mutazioni nel genoma “core”. L’assegnista dovrà utilizzare programmi per l’assemblaggio ibrido dei genomi, per l’allineamento delle “reads” ad un genoma di riferimento e per l’identificazione delle mutazioni, tutto in ambiente Linux. Per ogni genoma verrà prodotto un report con le seguenti informazioni: (i) lunghezza del genoma, contenuto in G+C, numero di geni; (ii) posizione e annotazione degli elementi genetici mobili; (iii) mutazioni del genoma “core” e loro possibile ruolo nel determinare fenotipi |
| Descrizione sintetica in inglese | The researcher will grow bacterial strains, isolate their DNA and perform sequencing Nanopore technologies. DNA will be extracted using protocols designed to preserve DNA integrity, in order to obtain long reads (>100 kb). Bacterial genomes will be assembled and characterized with special attention to: (i) mobile genetic elements, (ii) acquired antibiotic resistance determinants, (iii) mutations in the core genome. The researcher will use softwares for hybrid genome assembly, for alignment of the reads to a reference and for identification of nucleotide variations, in the Linux environment. For each sequenced genome, a report will be generated, containing the following information: (i) genome length, G+C content, number of genes; (ii) position and annotation of mobile genetic elements; (iii) mutations in the core genomes and their possible phenotypic role. |
| Data del bando | 24/01/2022 |
| Paesi in cui può essere condotta la ricerca |
Italy |
| Paesi di residenza dei candidati |
EUROPE |
| Nazionalità dei candidati |
EUROPE |
| Sito web del bando | Albo on-line | Università degli Studi di Siena - https://www.unisi.it › node |
| Destinatari dell'assegno di ricerca (of target group) |
Early stage researcher or 0-4 yrs (Post graduate) |
|---|
| Nome dell'Ente finanziatore | Università degli Studi di Siena |
|---|---|
| Tipologia dell'Ente | Public research |
| Paese dell'Ente | Italy |
| Città | Siena |
| Sito web | https://www.unisi.it |
| amministrazione.dbm@unisi.it |
| L'assegno finanziato/cofinanziato attraverso un EU Research Framework Programme? | No |
|---|
| Data di scadenza del bando | 14/02/2022 |
|---|