Torna ai risultati della ricercaBando per assegno di ricerca
| Titolo del progetto di ricerca in italiano | Modelling of protein-protein interactions in Autism Spectrum Disorder |
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| Titolo del progetto di ricerca in inglese | Modelling of protein-protein interactions in Autism Spectrum Disorder |
| Campo principale della ricerca | Chemistry |
| Sottocampo della ricerca | Computational chemistry |
| Campo principale della ricerca | Physics |
| Sottocampo della ricerca | Biophysics |
| Settore Concorsuale | 03 - Scienze chimiche |
| S.S.D | - |
| Descrizione sintetica in italiano | L’assegnista metterà a punto una piattaforma computazionale mirata a: 1) Automatizzare il processo di docking proteina-proteina e le conseguenti analisi utilizzando in contemporanea diversi programmi; 2) Eseguire calcoli di MM-GBSA su ciascun complesso proteina-proteina generato nel punto precedente e messa a punto della “funzione punteggio raffinata”; 3) Identificazione degli hot spot dei complessi tramite algoritmi di apprendimento automatico. L’assegnista dovrà quindi apprendere e padroneggiare diverse metodologie e programmi necessari ad affrontare l’approccio computazionale a problemi di biologia strutturale. Tecniche che passano dall’utilizzo delle banche dati presenti su internet, ai programmi per il calcolo e la determinazione della qualità dei modelli strutturali di proteine, al calcolo di modelli di interazione proteina-proteina e per effettuare calcoli di dinamica molecolare. |
| Descrizione sintetica in inglese | The goal of this project is the construction of protein-protein complexes of interest according to the following steps: 1) Protein-protein docking through a series of programs (e.g., PRISM or HADDOCK), to maximize the number of structures sampled by the different docking protocols. 2) Refinement of representative structures through molecular mechanics generalized Born surface area (MM-GBSA) calculations to more accurately assess the interaction from an energy perspective. This will lead to the development of a kind of "refined scoring function" capable of characterizing protein-protein interactions also in terms of the contribution of individual residues. 3) Identification of hot spots of complexes by a machine-learning approach developed at Forschungszentrum Jülich (Germany). Comparison of refined scoring functions between the native complex and the complex including DSA-related mutations will allow quantification of the impact of mutations on protein complex formation. |
| Data del bando | 05/10/2023 |
| Paesi in cui può essere condotta la ricerca |
Italy |
| Paesi di residenza dei candidati |
All |
| Nazionalità dei candidati |
All |
| Sito web del bando | https://bandi.unibo.it/ricerca/assegni-ricerca |
| Destinatari dell'assegno di ricerca (of target group) |
Early stage researcher or 0-4 yrs (Post graduate) |
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| Criteri di selezione in italiano (breve descrizione) | il bando e la modulistica per partecipare alla procedura di valutazione comparativa sono disponibili all'indirizzo: https://bandi.unibo.it/ricerca/assegni-ricerca |
| Criteri di selezione in inglese (breve descrizione) | to apply for research grants fill out the form available at the following address: https://bandi.unibo.it/ricerca/assegni-ricerca |
| Nome dell'Ente finanziatore | ALMA MATER STUDIORUM - UNIVERSITA' DI BOLOGNA - - DIPARTIMENTO DI FARMACIA E BIOTECNOLOGIE |
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| Tipologia dell'Ente | Public research |
| Paese dell'Ente | Italy |
| Città | Bologna |
| Sito web | http://www.unibo.it |
| luisa.iommarini2@unibo.it |
| L'assegno finanziato/cofinanziato attraverso un EU Research Framework Programme? | No |
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| Data di scadenza del bando | 26/10/2023 - alle ore 00:00 |
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| Come candidarsi | Other |