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| Titolo del progetto di ricerca in italiano | Bioinformatics for the detection of transposable elements and adaptive traits in metazoan genomes. |
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| Titolo del progetto di ricerca in inglese | Bioinformatics for the detection of transposable elements and adaptive traits in metazoan genomes. |
| Campo principale della ricerca | Biological sciences |
| Sottocampo della ricerca | Zoology |
| Campo principale della ricerca | Computer science |
| Sottocampo della ricerca | Modelling tools |
| Settore Concorsuale | 05 - Scienze biologiche |
| S.S.D | - |
| Descrizione sintetica in italiano | Gli elementi trasponibili (TE) e i caratteri adattativi (AT) giocano un ruolo chiave nei processi di adattamento di popolazioni sottoposte a stress ambientali o genomici. Lo scopo del progetto è lo sviluppo di strumenti computazionali per la ricerca di elementi genomici ripetuti (TE), per il loro confronto tra genomi di specie differenti,per la loro interpretazione a livello funzionale anche in relazione agli AT e per l'assemblaggio "de novo" di genomi, tenendo conto delle ifficoltà specifiche dovute alla presenza di zone ripetute. Un organismo non modello sarà utilizzato come caso di studio: il tonno rosso, per il quale sono disponibili dia reperti storici che campioni recenti. Il punto di partenza sarà l'assemblaggio del dati di sequenziamento del genoma di 4 individui e il riconoscimento dul genoma delle regioni ripetute. Dati di risequenziamento e genotipizzazione permetteranno di migliorare i metodi per il riconoscimento e l'assemblaggio di regioni ripetitive. |
| Descrizione sintetica in inglese | Transposable elements (TE) and adaptive traits (AT) play a key role in adaptation of populations under the effect of environmental disturbances or genomic “shocks” . The aim of the proposed project is to develop bio-computational tools that allow to detect repetitive components in genomes, to compare them across species and/or breeds, to interpret them also in relation to AT identified with SNP variants, and to suggest strategies for implementing novel algorithms for de novo genome assembling tackling ambiguities due to repetitive genome components. A non-model organism will be adopted as a test case: the bluefin tuna (BFT) for which both historical and contemporary specimens are available. The starting point requires the assembly of the sequencing data of four individuals and the identification of repeat-rich regions. Resequencing and genotyping data will allow to improve methods for detecting and assembly repetitive regions. |
| Data del bando | 04/12/2014 |
| Paesi in cui può essere condotta la ricerca |
Italy |
| Paesi di residenza dei candidati |
All |
| Nazionalità dei candidati |
All |
| Sito web del bando | https://www.aric.unibo.it/AssegniRicerca/BandiPubblicati/zz_Bandi_din.aspx |
| Destinatari dell'assegno di ricerca (of target group) |
Early stage researcher or 0-4 yrs (Post graduate) |
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| Criteri di selezione in italiano (breve descrizione) | il bando e la modulistica per partecipare alla procedura di valutazione comparativa sono disponibili all'indirizzo: https://www.aric.unibo.it/AssegniRicerca/BandiPubblicati/zz_Bandi_din.aspx |
| Criteri di selezione in inglese (breve descrizione) | to apply for research grants fill out the form available at the following address: https://www.aric.unibo.it/AssegniRicerca/BandiPubblicati/zz_Bandi_din.aspx |
| Nome dell'Ente finanziatore | ALMA MATER STUDIORUM - UNIVERSITA' DI BOLOGNA - - DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOLOGICHE, GEOLOGICHE E AMBIENTALI |
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| Tipologia dell'Ente | Public research |
| Paese dell'Ente | Italy |
| Città | Bologna |
| Sito web | http://www.unibo.it |
| rita.casadio@unibo.it |
| L'assegno finanziato/cofinanziato attraverso un EU Research Framework Programme? | No |
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| Data di scadenza del bando | 18/12/2014 - alle ore 00:00 |
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| Come candidarsi | Other |