Descrizione posizione

Titolo del progetto di ricerca in italiano	Nuova variazione nel miglioramento genetico delle piante ed i pan genomi vegetali
Titolo del progetto di ricerca in inglese	Novel variation in plant breeding and the plant pan-genomes
Descrizione sintetica in italiano	Procedura di selezione pubblica per il reclutamento di un ricercatore a tempo determinato ai sensi dell'art. 24, comma 3, lettera a) della legge 30.12.2010, n. 240. Durata del contratto: 3 anni prorogabile per soli due anni per una sola volta, previa positiva valutazione delle attività di ricerca svolte. Il trattamento economico annuo lordo è pari a € 34.898,06 - tempo pieno
Descrizione sintetica in inglese	Public selection for University fixed-term researcher pursuant to art. 24 clause 3 letter a) of Italian Law n. 240 of 30.12.2010 Duration of contract: 3 years, extendible for two years only and once only, conditional on positive assessment of the research carried out. Annual gross remuneration € € 34.898,06 - Full-time
Descrizione del bando in italiano	L'analisi della variazione di sequenza nelle piante ha rivelato che i loro genomi sono caratterizzati da livelli molto elevati di variazione strutturale, che consiste sia di inserzioni/delezioni più piccole dovute per lo più ad inserzioni recenti di elementi trasponibili, sia di inserzioni/delezioni più grandi simili a quelle chiamate nell'uomo Copy Number Variants (CNVs). Queste osservazioni indicano che una sola sequenza genomica potrebbe non essere sufficiente a descrivere l'intero complemento genomico di una specie e ci ha indotti ad introdurre il concetto del pan genoma vegetale che comprende porzioni di genoma comuni a tutti gli individui (core) e un genoma dispensabile (DG) composta da elementi di sequenza di DNA parzialmente condivisi e/o non condivisi. I sistemi di elementi trasponibili molto attivi presenti in molti genomi vegetali potrebbero spiegare una larga parte del genoma dispensabile. I meccanismi attraverso i quali vengono generate le varianti del tipo CNV e la direzioni di tali eventi mutazionali sono ancora sconosciuti. Andare alla scoperta della natura del genoma dispensabile, cioè determinarne la composizione, origine e funzione rappresenta un passo avanti verso la comprensione dei processi che generano la diversità genetica e fenotipica. Inoltre, poiché il genoma dispensabile sembra essere chiaramente la parte più giovane e più dinamica del pan genoma, vi è grande interesse per capire se esso contribuisce in misura notevole alla creazione di nuova variazione genetica nell'evoluzione delle piante e più specificatamente nel processo del miglioramento genetico. Noi quindi abbiamo i seguenti obiettivi: i. definire la dimensione e la composizione del pan genoma in due specie vegetali, il mais e la vite; ii. identificare i diversi meccanismi che generano e mantengono la porzione dispensabile in queste 2 specie; iii. identificare gli effetti fenotipici del genoma dispensabile; iv. stimare i tassi ed i meccanismi di creazione di nuova variazione genetica dovuta a componenti del genoma dispensabile e determinare se questi processi possono rappresentare un fattore decisivo nel processo di miglioramento genetico; v. estendere le nostre analisi ad altre specie vegetali per le quali nel frattempo la sequenza genomica si sia resa disponibile.
Descrizione del bando in inglese	The analysis of variation in plants has revealed that their genomes are characterised by high levels of structural variation, consisting of both smaller insertion/deletions, mostly due to recent insertions of transposable elements, and of larger insertion/deletion similar to those termed in humans Copy Number Variants (CNVs). These observations indicate that a single genome sequence might not reflect the entire genomic complement of a species, and prompted us to introduce the concept of the plant pan-genome, including core genomic features common to all individuals and a Dispensable Genome (DG) composed of partially shared and/or non shared DNA sequence elements. The very active transposable element systems present in many plant genomes may account for a large fraction of the DG. The mechanisms by which the CNV-like variants are generated and the direction of the mutational events are still unknown. Uncovering the intriguing nature of the DG, i.e. its composition, origin and function, represents a step forward towards an understanding of the processes generating genetic diversity and phenotypic variation. Additionally, since the DG clearly appears to be for the most part the youngest and most dynamic component of the pan genome, it is of great interest to understand whether it is a major contributor to the creation of new genetic variation in plant evolution and more specifically in the breeding process. We thus aim at: i) defining extent and composition of the pan genome in two plant species, maize and grapevine; ii) identifying the different mechanisms that generate and maintain the dispensable portion in these 2 species; iii) identifying the phenotypic effects of the DG; iv) estimating the rates and modes of creation of new genetic variation due to DG components and whether this could represent an important factor in the breeding process; v) extending our findings to other plant species for which the genome sequence in the meantime may have become available.
Numero posti	1
Campo principale della ricerca	Biological sciences
Sottocampo della ricerca	Biology
Settore Concorsuale	05/I1 - GENETICA E MICROBIOLOGIA
S.S.D	BIO/18 - GENETICA
Destinatari del bando (of target group)	Experienced researcher or 4-10 yrs (Post-Doc)
Benefits (in italiano) (congedo parentale, giorni di vacanza, etc.)	secondo legge
Benefits (in inglese) (parental leave, vacation days, etc.)	according to italian regulations
Commenti/sito web per dettagli aggiuntivi sull'impiego (in italiano)	Bando della selezione e allegati sono reperibili al sito: http://www.uniud.it/ateneo/organizzazione/bandi_concorsi/ricercatori_tempo_determinato
Commenti/sito web per dettagli aggiuntivi sull'impiego (in inglese)	Public selection announcement and application form can be downloaded at: http://www.uniud.it/ateneo/organizzazione/bandi_concorsi/ricercatori_tempo_determinato
Data del bando	06/08/2012

 

FP7 / PEOPLE / Marie Curie Actions

Research Framework Programme / Marie Curie Actions	No

 

Dettagli dell'impiego

Tipo di contratto	Temporary
Tempo	Full-time
Ore settimanali	Non previsto
Organizzazione/Ente	University of Udine
Paese (dove si svolgerà l'attività)	ITALY
Stato/Provincia	Udine
Città	Udine
Codice postale	33100
Indirizzo	Via Palladio, 8

 

Contatto presso l'Organizzazione/Ente

Organizzazione/Ente	University of Udine
Tipo	Academic
Facoltà/Dipartimento/Laboratorio di ricerca	Department of Agricultural and Environmental Sciences
Paese	ITALY
Stato/Provincia	Udine
Città	Udine
Codice postale	33100
Indirizzo	Via delle Scienze 206
E-mail	michele.morgante@uniud.it

 

Dettagli per la candidatura

Data di scadenza del bando	17/09/2012 - alle ore 23:59
Come candidarsi	Other

 

Titoli di studio richiesti

Laurea	PhD or equivalent
Ambito della laurea	Biological sciences

 

Requisiti aggiuntivi

Requisiti specifici in italiano	curriculum scientifico-professionale idoneo allo svolgimento di attività di ricerca in campo della genomica vegetale
Requisiti specifici in inglese	scientific and professional curriculum for carrying out research in the field of plant genomics